《天籁之一万年以后》讲述的是宁静的雪域，一个部落被一股神秘的黑暗势力洗劫，小女孩珠玛因为和藏獒在外面玩耍才幸免于难。等她回部落时，部落已彻底被毁坏，一位奄奄一息的老奶奶在指引珠玛图腾之后也撒手人寰，悲痛无助的珠玛只得带着图腾，和藏獒一起流浪。

珠玛和藏獒翻过雪山，穿过森林，来到村庄，本以为找到了安身之所，却因心地善良，将村民们即将处死的小怪兽放走，引来人们的误解，她只得离开。也因此珠玛在寺院祈福时被一些僧人和村民围了起来，方丈出来劝解，才发现珠玛身上的图腾，于是将珠玛带入大殿，通过大殿内的壁画地图，珠玛第一次知道自己图腾的背景和那股黑暗势力的来源——苯。

苯的势力进一步扩张，渐渐逼近城镇，珠玛心情沉重，不知道自己放走小怪兽是对还是错，她决定前往城镇告知人们苯的情况。在经过雪峰时，藏獒发现受伤的武士，于是珠玛和武士一起到达城镇。武士们组织反抗，说唱艺人再次出现，指出危险但能对付苯的办法，珠玛执意要去。苯的势力不断向城镇聚集，乌云翻滚，整个世界的光像是被人偷走了一般。土林的妖兽鬼怪开始作乱，呈现出各种奇怪的色彩，珠玛穿过土林的重重险阻到达古格，凭着坚强的意志和纯洁的心，用图腾将禁锢苯的封印再一次开启，珠玛幻化成飞舞的花瓣将自然唤醒，所有苯的手下被石化，天籁之音响起，世界又恢复了原来的色彩。